Denne artikel stammer fra det trykte Computerworlds arkiv. Artiklen blev publiceret den BioTech d. 5. december 2002.
TENDENS & ANALYSE: Danmark har nu seks måneders forspring til at udnytte viden fra kortlægningen af svinegenomet
kommercielt. Dansk landbrug står dermed til at styrke sin position på verdensmarkedet. Men det er endnu uklart hvordan.
Da Kina og Danmark i oktober 2000 dannede et konsortium med det mål at kortlægge grisens arvemasse, vakte det stor opsigt internationalt. Ikke kun fordi sekventeringen af grisens genom er det første af sin art, når det gælder et højerestående husdyr, og kun det fjerde pattedyr efter mennesket, musen og rotten. Men også fordi de forskningsmæssige, medicinske og ikke mindst kommercielle perspektiver i at få kortlagt grisens genom fra flere sider blev betegnet som 'svimlende'.
Om få måneder, lidt over to år efter, aftalen blev indgået, er den første afgørende del af projektet afsluttet. På Den Kgl. Veterinær og Landbohøjskole (KVL), der sammen med Danmarks Jordbrugsforskning i Foulum (DJF) og Danske Slagterier - Landsudvalget for Svin udgør den danske del af konsortiet, er man overbevist om, at den danske svinesektor vil få fuld valuta for de penge, der er blevet investeret i projektet.
"Det er os, der kommer til at stå forrest i køen, når det gælder om at analysere datamaterialet. Selvfølgelig får vi glæde af den konkurrencefordel, der ligger i at have initieret projektet og have adgang til at analysere datamaterialet. Vi er faktisk allerede godt i gang med at analysere de mutationer, der findes i generne med henblik på at isolere dem, der potentielt har en interessant funktionel betydning. I løbet af seks måneder kan vi ikke bevise særligt meget. Men vi kan tilbageholde måske 100 gener, som, vi mener, er væsentlige. Derudover er det eneste, der bliver offentligt efter de seks måneder jo sekvenserne - ikke de analyser, vi foretager," siger Merete Fredholm, der er projektleder og professor på KVL.
Forskningsinstitutionerne i konsortiet havde gerne set, at sekventeringsdata fra genomprojektet blev tilgængelige for alverdens forskere med det samme, ligesom det var tilfældet i henhold til de såkaldte Bermuda-regler, der blev anvendt i det humane genom-projekt.
Forskning og filantropi
Men de industrielle interesser i konsortiet betingede sig, at data blev holdt tilbage i en periode på seks måneder, hvor der kunne udtages patenter. Og de fik det sidste ord, da en stor del af finansieringen netop kom fra industrien, f.eks. Danske Slagterier, Landsudvalget for Svin, der har bidraget med godt 30 millioner kroner til første fase af projektet.
"Vi har bidraget med fire millioner dollars til fase I af projektet. Det er naturligvis ikke ren og skær filantropi. Vi er med, fordi vi vil anvende de oplysninger, der afdækkes direkte i avlsarbejdet. For os handler det her om at blive i stand til at udvikle dyr med f.eks. bedre kødkvalitet, stærkere modstandsdygtighed over for sygdomme eller dyr, der viser en bedre adfærd. F.eks. søer, der har en mere hensigtsmæssig adfærd over for smågrise. At det er os, der sammen med kineserne har retten til at udtage patenter i de første seks måneder, er kun rimeligt. Det er jo trods alt os, der har betalt en stor del af gildet," siger Orla Grøn Pedersen, direktør i Danske Slagterier, Landsudvalget for Svin.
Han understreger, at resultaterne fra første fase efter den seks måneder lange periode vil blive offentliggjort på samme måde, som det finder sted i andre lignende projekter. Bl.a. vil data blive lagt ud på internettet.
Den danske svinesektor har fra starten udtrykt store forventninger til perspektiverne i samarbejdet. Aftalen er en enestående mulighed for, at Danmark kan bevare forspringet som en af klodens førende svinekødseksportører, hvor den nye viden kan udnyttes direkte i avlsarbejdet. Danmark er det land i verden, der har det største antal svin pr. indbyggere. Og Danmark har lange traditioner inden for den funktionelle genetik, hvor man siden århundredeskiftet har fremavlet dyr uden kendskab til generne.
Nøglen til forspringet er den klausul, som Danske Slagterier med succes fik med i aftalen om de intellektuelle rettigheder til den viden, der blev skabt i projektet. Men selv om der nu er et stort ønske om at udnytte mulighederne, er det et åbent spørgsmål, om slagterierne er rustet til det.
Klausul og ret
Hvordan vil Danske Slagterier, Landsudvalget for Svin, konkret benytte sig af det 'window of opportunity', de får serveret?
"Resultaterne af svinegenom-projektet vil ikke fra den ene dag til den anden sætte os i stand til at fremavle grise, der er væsentlig mere sygdomsresistente. Men i løbet af få år vil vi få en markant fordel. Det her skal ses som starten på en udvikling, hvor man kobler informationer om arvemassen sammen med allerede fødte svin, der udviser bedre og sundere egenskaber. Derfor er det umuligt for mig at pege på et enkeltstående håndgribeligt produkt. Det eneste, jeg kan sige, er, at vi vil analysere datamaterialet grundigt og eventuelt udtage patenter, når vi leder efter variationer i genmaterialet. Derudover bidrager vi til, at der sker et løft i forskermiljøet, når det gælder viden om det dyr, der repræsenterer en af de vigtigste eksportartikler i Danmark," lyder det fra Orla Grøn Pedersen.
Han suppleres af kollegaen Bent Claudi Lassen, formand for bestyrelsen i Danske Slagterier:
"Vi har allieret os med professionelle folk, der arbejder med patentering både i Danmark og udlandet. De rådgiver os om, hvordan vi får mest muligt ud af den her mulighed. Men det er af naturlige årsager ikke muligt at sige, hvad det ender med," siger han.
Bioinformatik overset
På Danmarks Tekniske Universitet sidder professor Søren Brunak, der leder Center for Biologisk Sekvensanalyse. Han finder det uheldigt, at Danmark ikke har forberedt sig på at udnytte forskningsresultaterne ved hjælp af bioinformatik.
"Bioinformatik kommer til at spille en altafgørende rolle i at finde værdi i de data, der er skabt. Og her viser al erfaring - især fra kortlægningen af det menneskelige genom - at jo tidligere bioinformatik kommer med i billedet, desto billigere og lettere bliver processen. Derfor burde vi have været med hele vejen," mener professoren.
Dermed er det altså ikke sikkert, at slagteriernes investering direkte kan omsættes til økonomisk gevinst. Ligesom ingen involverede kan fremlægge en strategi for eventuel patentering af ny indsigt i genkortlægningen. Men der kan også være indirekte muligheder for succes, mener professor Torben Greve, også KVL, der tidligere stod i spidsen for svinegenom-projektet:
"Uanset om konsortiet vælger at patentere eller ej, vil man få kendskab til nogle interessante funktionelle gener før andre. Den viden kan bygges ind i de eksisterende avlsstrategier. Derudover har projektet skabt en kæmpe goodwill og reklameværdi for dansk svineavlsindustri i et land (Kina, red.), hvor de fremtidige eksportmuligheder er særdeles lovende. Alene det er den investering værd, som Danske Slagterier har skudt i projektet," siger Torben Greve.
Læs også side 25
Boks:
Svinegenom-projekt runder en milepæl
Det kinesisk-danske projekt med at kortlægge svinegenomet, går hurtigere end planlagt. Første fase, som var berammet til en varighed på tre år, er næsten nået nu på lidt over to år.
Professor Merete Fredholm, der er projektleder vurderer:
"Fase 1 har handlet om at få identificeret værdifulde gener, udvikle markører til den fysiske og genetiske kortlægning af grisen og udvikle forskellige forskningsmæssige værktøjer til analyse og forståelse af pattedyrgenomer. I Danmark har vi koncentreret os om at få håndtag i så mange gener som overhoved muligt. Vi har konstrueret 100 såkaldte cDNA biblioteker bestående af mere end 1.000.000 kloner, der indeholder gensekvenser fra forskellige typer væv fra forskellige grise. Der er blandt andet brugt væv fra hjerne, lever, nyre og tarm. CDNA klonerne har vi sendt til Kina, hvor Beijing Genomics Institute har stået for sekventeringen og analysen på de samme maskiner, som blev anvendt til kortlægningen af det humane genom, siger Merete Fredholm.
En andel vigtig del af fase 1 har været sekventeringen af genomisk DNA. Her har aftalen været, at kineserne skulle sekventere, hvad der svarer til Èn gang dækning af hele svinegenomet. Også det mål er meget tæt på at være nået. Men man skal dog op på i alt seks gange dækning af de i alt tre milliarder basepar, som svinet estimeres at have. Derfor er der stadig langt igen før hele genomet er kortlagt.
"I en kommende fase 2 af projektet, som vi regner med kan tage flere år, vil målet være, at nå frem til en råskitse af hele genomet, der dækker 90 procent af sekvensen og 95 procent af generne", siger Merete Fredholm.
Billedtekst:
Danmark og Kina har i lyntempo rundet den første vigtige milepæl i kortlægningen af grisens arvemasse. Om få måneder er projektets første fase slut. Den har taget lidt over to år og ikke - som oprindelig planlagt - tre år.
Foto: Torben Nielsen
Boks:
Konsortiemedlemmer
¥ Den Kgl. Veterinær og Landbohøjskole.
¥ Danmarks Jordbrugsforskning i Foulum.
¥ Danske Slagterier - Landsudvalget for Svin.
¥ Beijing Genomics Institute.
Boks:
Vi har talt med til artiklerne side 6-7 og 25
¥ Merete Fredholm, professor på KVL, Institut for
Husdyrbrug og Husdyrsundhed og projektleder for svinegenomprojektet.
¥ Søren Brunak, professor og leder af Center for
Biologisk Sekvensanalyse på Danmarks Tekniske
Universitet.
¥ Orla Grøn Pedersen, direktør i Danske Slagterier, Landsudvalget for Svin.
¥ Bent Claudi Lassen, Formand for Danske Slagteriers bestyrelse.
¥ Claus Bøttcher Jørgensen, forskningslektor på KVL, Institut for Husdyrbrug og Husdyrsundhed.
¥ Torben Greve, Professor på KVL, klinisk institut, afd. for reproduktion.
¥ Bent Schmidt-Nielsen, Lektor på KVL, tidligere rektor.
¥ Lars Bolund, professor på Institut for Human Genetik på Aarhus Universitet.
