boot problem

Hvorfor booter f.eks Nero brænderprogrammet til floppydrevet, når jeg skal starte det?
Har haft problemer med Windows 98 SE, og har geninstalleret. Jeg tog en copy af boot.ini til diskette  (floppy drevet), og det viser sig den starter kun hvis disketten sidder i.
Jeg har kopieret boot.ini til samme folder igen i C:
Da jeg har dual boot altså XP også, men det ligger på D:, hvorfor skal den så også bruge floppy drevet. Ellers ser det ud til at fungere fint.
Altså hvordan får jeg den til at lade være med at boote til floppy drevet når jeg starter et program? (gælder nemlig ikke alle programmer jeg har)