session skifter ved popup

Hej Eksperter

Jeg er ved at lave en side med login som benytter session til at gemme brugerdata og andre ting.
Jeg har lagt FCKeditor ind og laver et system sådan at man kan browse en mappes filer og bruge i editoren. Denne browse del åbner i et popup vindue, og det er her mit problem opstår. Session forsvinder når jeg åbner denne. Jeg har prøvet at udskrive session_id(); og den er god nok, den skifter session.

Jeg benytter apache rewrite, så alle sider/filer der ikke findes omdirigeres til index.php i roden. Kan denne "flytning" være fejlen?
Den kode der åbner popup vinduet lyder:
sActualBrowser = type ;

    var iLeft = (screen.width  - width) / 2 ;
    var iTop  = (screen.height - height) / 2 ;

    var sOptions = "toolbar=no,status=no,resizable=yes,dependent=yes,scrollbars=yes" ;
    sOptions += ",width=" + width ;
    sOptions += ",height=" + height ;
    sOptions += ",left=" + iLeft ;
    sOptions += ",top=" + iTop ;

    var oWindow = window.open( url, "FCKBrowseWindow", sOptions ) ;

    oWindow.focus();