Masterpage, content page med javascript

Jeg har lavet en masterpage og en masse sider der ned arver fra den. I den har jeg lavet en funktion, som skal kører og virker på en normal default.aspx side uden masterpage. Men indenfor masterpage fungere den ikke. Jeg ved ikke helt hvor jeg skal smide min javascript libs. Man smider dem i bunden af siden og så virker koden, men det er ikke tilfældet her. Nogle der har en ide, hvordan man løser det her?