Det er nu ikke så lige til...
Dit program skal lave maskinekode ud fra et eller andet programmeringssprog - en videnskab i sig selv. Prøv f.eks. at kigge på nogle af de freeware compilere, der findes rundt om på nettet (C/C++/Pascal...). En compiler i en fornuftig kvalitet fylder fra 50000 linier og op efter. Compiler teknink og programmering er meget spændende, men svært...
Når du din compiler så har genereret noget objektkode (et mellem stadie) skal det linkes til diverse systembiblioteker etc og så skrives i en exe fil. I øvrigt er den korrekte betegnelse PE (Portable Executable) format. Du kan læse mere om det her:
http://myfileformats.com/search.php?cat_id=50&cat_name=Binary%20files&start=4og... mon ikke stort set alle benytter GUI værktøjer til deres compilere (Delphi, Visual C etc????) ;-)