Session variabler vs. popup vinduer

Hej sidder med et stort problem.

Jeg koder på et php-projekt hvor der er nogle popup's og meget ofte når popuppen lukkes forsvinder alle session-data.

Kan ikke finde noget system i hvornår de forsvinder, det virker ret tilfældigt.
Tror ikke det er et spørgsmål om browser-opsætning, da fejlen er periodisk på samme computer/browser (IE6).

Håber nogen ved hvad der er galt, da jeg er løbet tør for idéer.