Nu går jeg ud fra, at du bruger proftpd, men der er et hav af forskellige, så hvis du bruger en anden, må du lige sige hvilken?
Jeg har lige set på
http://debianguiden.dk/dists/stable/html/ftp-server.html at i proftpd kaldes chroot for DefaultRoot. Det betyder, at en bruger kun kan se mapper, der ligger under hans "rodmappe". Normalt er chmod et selvstændigt program, der skal køres, og det skal derfor ligge under denne "rodmappe".
Prøv at se på /etc/proftpd.conf
Dens opdeling minder (lige som Apaches httpd.conf) lidt om HTML. Led efter DefaultRoot og se på linierne omkring. Der er nok lidt kommentarer og måske nogle andre indstillinger, der kan være relevante i denne sammenhæng. Hvis der er noget, du ikke forstår, så prøv at poste det her.