startpage i projektet har kun noget med hvilken side du rammer når du starter det inde fra visual studio at gøre.
og hvis du har mange projekter - og kun skal gøre det én gang, vil det nok bedst kunne betale sig for dig at gøre det manuelt.
ellers kan du lave et lille script til (det er ikke ret kompliceret) :
http://www.google.dk/search?hl=da&q=scripting+IIS+create+virtual+directory&meta=... der er masser af muligheder der - og uanset hvordan du vælger at gøre det, er det ikke ret mange linier kode du skal skrive.
mvh