Forskel på at inkludere en fil og skrive koden direkte

Hvad er forskellen egentlig på, om man skriver et stykke kode i fil 1 således:

<script>
  alert(123);
</script>

- eller om man putter ovenstående over i fil 2 og inkluderer denne i fil 1 sådan:

<script src="fil2.js"></script>

Jeg spørger fordi, jeg troede, at det gav samme resultat, men mine funktionskald bliver tilsyneladende ikke udført, når jeg bruger sidste løsning.