mySQL: delt datadir

Jeg har I min windows-installation af mySQL sat datadir til at ligge på en udvidet partition, som jeg samtidig kan nå fra Linux. Jeg har i Linux sat mit datadir til den samme mappe, og kan også finde se alle tabeller mm. Men der er nogle af data'ene, som jeg ikke kan få adgang til - får en "in use" i phpmyadmin. Er det umuligt at dele en database mellem flere systemet (=flere servere)? De kører ikke begge på samme tid - de ter dual boot.