Ja. For det første er der højde-/bredde-problemet, som du selv var inde på. Derudover understøttes de ikke af en del ældre browsere, og mange af de attributter, som Microsoft har føjet til IFramet, virker ikke eller gør bare oget andet, end de burde. Specielt i andre browsere understøttes disse attributter overhovedet ikke.
I øvrigt gør det, at din hovedside først skal loade og at din IFrame side derefter skal i gang, hvilket øger loadtiden, i stedet for bare at hente alt ned på en gang.
Desuden kan mange søgemaskiner, blandt andet google, ikke indexere indholdet i IFrames og gemmer derimod bare det, du måske har skrevet i dit <noframes>-tag.
Grundlæggende om IFrames:
http://www.blooberry.com/indexdot/html/tagpages/i/iframe.htmVurdering (nedrakning) af IFrames:
http://www.yourhtmlsource.com/frames/goodorbad.html