er det muligt at opdele web og mysql server på 2

Mens du venter på svar, vil det nok være en god idé at kigge på dine mange åbne spørgsmål: http://www.eksperten.dk/list.phtml?sort=&order=DESC&status_1=on&status_2=on&spm_creator=pcdl&spm_part=&spm_answer=&find=&engine=exp

Svaret er både "ja", og "ja, det kan være fornuftigt". Du installerer det blot og:
1) Indstiller at mysql-servereen tillader forbindelser udefra (se dokumentationen)
2) Skriver mysql-serverens IP-nummer i stedet for "localhost" når du opretter forbindelsen

Men mener du mysql på en Windows 2003 ???

ja det er på en windows 2003 men hvordan tillader jeg at der kommer forbindelse ude fra og evt kun fra den anden server

(se dokumentationen)

Skal man køre mysql, og har valget, vil jeg foretrække en unix/linux-agtig maskine. Har man ikke valget, er det jo noget andet.