Flaskehalse

Jeg har arbejdet med LAMP servere i mange år efterhånden, og kan oftest finde flaskehalse. Men det sker stadig, at min hjemmeside bliver langsom, uden jeg kan finde en grund.

MySQL: jeg bruger slow-log, runtime info og 'SHOW PROCESSLIST'.
Apache: aktiveret errorlog, har rigelig med servere, maxclients osv.
Linux: 'top' og /var/log..

Hvilke værktøjer, og hvilke ting bør jeg undersøge det, når PHP, HTML eller billedefiler pludselig tager lang tid om at loade?

Serverne står på en 100mbit netlinje (jay.net) og er forbundet indbyrdes med en gbit switch. Så netværk burde ikke være problemet.