du kan bare lave en simpel update, og simplificerer det lidt med en IN.
test tabel 
CREATE TABLE `tbl_test` (
  `id` int(11) NOT NULL,
  `url` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;
INSERT INTO `tbl_test` (`id`, `url`) VALUES
(1, '
http://www.asdasd.dk'),
(2, '
http://www.asdasd.dk/sadfasdk'),
(3, '
http://www.dr.dk/radio/'),
(4, '
http://www.udvikleren.dk/'),
(5, 'olsensweb.dk'),
(6, '
https://www.computerworld.dk/eksperten/');
ALTER TABLE `tbl_test`
  ADD PRIMARY KEY (`id`);
ALTER TABLE `tbl_test`
  MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, AUTO_INCREMENT=7;
sql tested i sql fanen i phpmyadmin 
test tabel resultat
CREATE TABLE `tbl_test` (
  `id` int(11) NOT NULL,
  `url` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;
INSERT INTO `tbl_test` (`id`, `url`) VALUES
(1, 'asdasd.dk'),
(2, 'asdasd.dk'),
(3, '
http://www.dr.dk/radio/'),
(4, '
http://www.udvikleren.dk/'),
(5, 'olsensweb.dk'),
(6, '
https://www.computerworld.dk/eksperten/');
ALTER TABLE `tbl_test`
  ADD PRIMARY KEY (`id`);
ALTER TABLE `tbl_test`
  MODIFY `id` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT, AUTO_INCREMENT=7;