Har base64 i flere wordpress .php filer - search and replace

Hej alle

Jeg har et webhotel, hvor jeg har ca. 20 wordpress installationer på. Der er desværre kommet base64 på flere af filerne. Angrebet er sandsynligvis sket via et ikke opdateret plugin.

Jeg estimerer, at der er ca. +2.000 .php filer fordelt på alle installationerne, med den onde kode.

Der er 2 versioner af koden, som ellers er identisk. Derfor vil jeg i første omgang, prøve at lave en search and replace på teksten og så erstatte den.

Når jeg gør det, så får jeg dog alle mulige fejl såsom headers sent, og javascript som ikke bliver loaded ordentligt.

Nuke and pave er ikke rigtig en løsning, da der er tale om 20 sider, vil jeg prøve den anden metode først + wordfence scanning + ændring af password.

Jeg har prøvet med og uden utf-8 kodning, uden at resultatet blev anderledes. Skal jeg vælge en anden encoding type, når jeg replacer?

Jeg bruger det her program:
https://findandreplace.codeplex.com/releases/view/122813