Der er vandskeligt. Hvis du har brug for konstant adgang til ftp udefra, vil jeg anbefale at du placere din ftp server i et DMZ, men det kræver jo en rigtig firewall og seperate maskiner til dette, selvom du kan anvende en linux løsning, så softwaren ikke koster (prøv at læse mine svar nederst i denne her
http://www.eksperten.dk/spm/190886).
Hvis du ikke har konstant brug for ftp, vil jeg foreslå at du lukker for adgangen generelt og kun åbner når der er behov (og lukker straks efter).
Der er nogle muligheder for secure FTP med SSL og andre former for sikring/kryptering/tunneling, men det kræver lidt af setupet og er ikke helt nemt