IIS konfigurering vha. J2EE Webservice

Min udfordring er, at jeg fra en Webservice skal konfigurere en eller flere ISS'er med et site ad gangen.
Dette site skal have en fast biblioteksstruktur som er predefineret. Derefter skal der kopieres filer ind i denne struktur (bla. global.asax, web.config osv).

Hvordan gøres dette fra en Java platform(jeg har selv tænkt på at lave en Web Service på Java siden og en .NET webservice på IIS-siden, men hvordan griber jeg dette an?)