Selvfølgelig kan en ftp-server køre sideløbende med apache, hvis det _skal_ køre på en linux server, vil jeg anbefale dig, at starte med en Red Hat 7.3, Red Hat er nem at gå til, den er nem at installere, og det er meget nem at få hjælpe til den, da der er så mange der bruger/har brugt den, jeg har selv brugt Red Hat på et tidspunkt.
Angående om det skal være php eller asp baseret kode, så vil jeg da anbefale dig at du vælger php, ellers er der ikke den store idé i at starte på linux, asp kører nu en gang bedst på en windows-platform.
Jeg er ikke helt præcist med på, hvad det er du vil, men måske du kan få nytte af at kikke på dette script:
http://scripts.gonza.dk/ftp/Mvh.
Gonza