GetCurrentDiretory giver "Forkert sti"

Når jeg anvender GetCurrentDirectory() i  min webapplikation får jeg stien: "c:\windows\system32\inetsrv", burde det ikke være noget med "c:\inetpub\wwwroot\[Application]\"?

Det giver problemer, da jeg skal oprette og nedlægge filer on-the-fly.
Underligt nok giver det ikke problemer når jeg navigerer, fx vha NavigateUrl("[relativ url]");

Desuden eksisterer min mappestruktur _ikke_ i det directory som GetCurrentDirectory() giver.

Nogen der har nogen forslag eller noget for jeg er på grænsen til hysteri :-)

PS.: Jeg sidder med en Small Business Server 2003.