Deployment og ændringer

Hejsa,

I forbindelse med nogle windows programmer jeg har lavet, har jeg udviklet en komponent der kan opgradere en application via en www server(baseret på et whitepaper fra ms).

Systemet fungere ved at man har en launcer.exe der kigger ind i en mappestruktur som ligner
%programs folder%\%appname%\%appversion%\binname.exe

Hvilket betyder at man i første omgang har
c:\programmer\mitprogram\1.0.0.0\smartapp.exe

Efter opgradering har jeg så en mappe til der hedder
c:\programmer\mitprogram\1.0.0.1\smartapp.exe

Den originale mappe er gemt i første omgang, men efter en række opdateringer bliver mappen slettet.

Nu opstår der så et problem, når min application starter op, så tester .NET automatisk om alle mine filer er hvor de skal være, og derfor starter min installer igen(Det her er ikke noget jeg har lavet med vilje)
Så mit spørgsmål er, hvordan undgår jeg at min installer automatisk bliver kørt når noget i den originale mappestruktur er blevet ændret?

Det er .net 1.1