"ntldr" mangler

Når jeg starter min maskine op viser den denne besked "ntldr mangler" og det er ikke fordi jeg  har instaleret nogen nye programmer.
Jeg har 2 harddiske på min maskine, en hvor Windows ligger på den er 8 GB og en hvor jeg har div. andre ting liggende, som er på 40 GB. Hvis jeg tager harddisken på 40 GB fra og kun starter op harddisken hvor Windows ligger på, så starter maskinen fint op uden problemmer.
Når jeg vil prøve at starte op fra min Windows installations diskette for at reparere, så siger den at den version jeg har på maskinen er nyere end den der er på disketten, og afbryder installationen. Maskinen er en jeg har købt brugt med styresytem indlæst.
Hvis jeg sætter hardisken på 40 GB til gennem USB porten så  kan den fint læse daterne der på