if(words.endsWith("ize")) words.replace("ize","ise");

det er fordi du har lavet din replace med char-parametre
(f.eks. replace(char c1, char c2){...}) du skal lave den om til Strings, hvis du vil læse tekst som "ise" ind i den:
replace(String s1, String s2){...}

Han har ikke skrevet en replace metode,
den eksisterer allerede i String klassen
og den har signature (char,char) og kan
derfor ikke benyttes her. Du skal istedet
benytte replaceAll("ize","ise") dog er
det en noget speciel metode idet den opfatter
første argument som et regulært udtryk.
Derfor skal du kun benytte den med simple
strenge som i dit eksempel. Metoden er ny
i Java 1.4. Vær på vagt overfor strenge
med punktum og \ i, de kan volde problemer.

hvorfor er det her forkert så :

while(true)
        {
            String words = fileRead.readString();
            String ize = "ize";
            String ise = "ise";

            String nywords = words.replace(ize,ise);

            fileWrite.println(""+nywords);
        }

fejlen:  C:\Documents and Settings\aslan\Skrivebord\5.2\Spelling.java:17: replace(char,char) in java.lang.String cannot be applied to (java.lang.String,java.lang.String)
            String nywords = words.replace(ize,ise);

flot:)