Problem med shutdown-hook

Jeg har lige i min server fået den til at registre følgende shutdown-hook:

    Runnable r = new Runnable() {
      public void run() {
        manager.stop(); 
      }
    };
    Runtime.getRuntime().addShutdownHook(new Thread(r));

manager.stop() er præcis den samme metode som køres hvis serveren lukkes (slutter med System.exit(0)) ned via konsollen efter princippet:

    server.Main -stop

I sidstnævnte tilfælde går alt godt. Alle tråde lukkes ned og er ikke længere at finde som processer i OS (Linux).

Men hvis jeg sender et terminate-signal som så aktiverer shutdown-hooken, går det galt. manager.stop() bliver kørt og alle processer lukkes ned som normalt (kan jeg se i logfilen - alle tråde udskriver en sidste linie inden de dør), men de er stadig at finde i OS, som om de befinder sig i en zombie-tilstand - og der bliver de liggende.

Hvad går der lige galt !?