den bedste linux emulator

Du har valget mellem cygwin og MinGW.
Ellers kan du feks installere linux i vmware så du har en "rigtig" installation at teste på.

ok..hvad er så forskellen på disse to ?

At den ene er under GPL licens og den anden ikke er? Noget fjollet i den stil :)
De emulerer begge to en POSIX tråd model under Windows så du kan bruge gcc + binutils, og det er det du har brug for. De er begge to modne nok til at feks Borland C BuilderX har direkte support for dem i deres IDE (under windows).