Onclick-link udenom base target?

Har en side som åbner i en popup via <a href="#" onclick="self.window.open......>

Problemet er bare, at jeg i head'en har en <base target="domæne">

Popup'en åbner som den skal, men samtidigt åbner hovedsiden jo i det andet vindue - altså det med popup linket! Hvordan dælen udgår man det??