windows xp system filer er væk!!

Mit computer crashede og da jeg genstartede, så startede den op med en fejl om at system32/driver/pci.sys manglede! Jeg prøvede at lave en repair, men det kunne den ikke, ej heller starte op fejlsikret.
Jeg tog derefter hd ud satte den i en anden maskine for at få backup af mine data. Og her så jeg at der mangler halvdelen af mine filer i windows direktoriet. Jeg har fx ikke system mappen eller system32 mappen. Sammenlignet med windows direktoriet på en anden computer er det lige præcis de sidste 10 mapper der mangler?
Hvordan kan det ske? og er der nogle gode ideer til hvad jeg kan gøre? Jeg går ud fra at jeg nok blive tvunget til at formatere? Hvordan kan sådan noget ske? Og kan man evt installere winxp oveni igen så jeg beholder mine "settings"
tak