chkdsk har ændret mine filer

Hej.

Har 2 diske, 200GB.

Sikerheds kopierede alle min data til disk 2,
repartionerede disk 1,
format disk 1,
installerede W2k på nytt (Disk 1),
W2k ville da ikke gendkende min disk 2,
Var selvfølgelig ude og sætte kaffe over da den rebootede og bestemte sig for at køre en chkdsk på disk 2.
Da jeg kommer ind til PC'en er den i fuld gang og jeg tør jo ikke afbryde den.

Nu virker det som mange af filerne er ændret eller krypteret på en måde.
Nogen filer feks. .txt er det rene volapyk

Er der nogen måde at gendanne filerne til korrekt format??