Opbygning af et større site (mappe hieraki, fil navngivning osv)

Godaften eksperter..

Situationen er den at jeg er påbegyndt et større projekt, nærmere betegnet programmeringen af et større community.. Da jeg langt fra selv er ekspert, tænkte jeg derfor at jeg hen ad vejen kunne høre jer ad med om tingene jeg fik lavet var sikre og jeg havde taget højde for det man bør..

Dette spørgsmål omhandler dog mere generelt opbyggelsen af sitet mht. mapper osv. Hvordan jeg opbygger det på den smarteste måde.

Er det ved at lave undermapper på undermapper og inddele efter funktioner (fx root mappen -> profil mappe -> login mappe, logout mappe, rediger mappe) eller ved at smide alle filerne i hovedmappen? - med undtagelse af billederne naturligvis.. Og hvordan dælen navngiver jeg så filerne på bedste vis - med tal eller hvordan? Mange af de større sites har nemlig navndøbt deres filer med tal såvidt jeg kan se, men ved ikke om det måske hænger sammen med nedenstående?

Jeg er desuden blevet introduceret for .htaccess for nylig og har fået fortalt at det er nødvendigt at jeg bruger det. Jeg har dog ikke helt opfanget princippet i det, men tror måske jeg er på rette spor :)? Jeg kan eksempelvis se at Eksperten.dk bruger  adressen "bruger/login" til når man skal logge ind. Jeg går ikke ud fra at de har en mappe, der hedder "bruger/login/" for så skulle der vel en skråstreg mere på. Men er det for at "snyde" en "potentiel cracker", så han ikke kan se hvor den pågældende fil ligger eller er det blot for at gøre adressen kortere eller lign.?

Håber meget på nogle grundige svar hertil, så jeg kan få en idé om hvordan jeg bygger mapperne og filerne op på bedste vis, da jeg ikke har særlig meget erfaring med større sites. Hvis i ligger inde med nogle gode guider til ovenstående må i også meget gerne linke til dem. Det er trodsalt rimelig essensielt hvordan jeg opbygger det ;)