Mjaeh, det er en lidt løs beskrivelse du selv laver - lidt uddybelse havde været rart.
Udgangspunktet bør være at side1.php er ansvarlig for output; det være sig HTML, tekst og så videre.
class.lib.php bør indeholde/behandle data som du vil anvende i på side1.php. Klassens metoder bør ikke udskrive indhold, men blot returnere data (strenge, tal, bools) som side1.php kan behandle.
side1.php
<?php
  include("inc/config.php");
  include("obj/class.lib.php");
  $myObject = new myObject();
  $articles = $myObject->getTopArticles(5);
?>
<!DOCTYPE...>
<html>
  <head>
   <title>...
  </head>
  <body>
    <div class="newsBox">
      <?php foreach($articles as $article): ?>
        <h3><?php $article["headline"]; ?></h3>
        <p>
          <?php echo $article["teaser"]; ?>
          <br />
          <a href="articles.php?articleId=<?php echo $article["articleId"]; ?>" class="readMore">Læs mere</a>
        </p>
      <?php endforeach; ?>
    </div>
    ...
  </body>
</html>
Alternativt kan du pakke den generiske HTML kode ind i nogle andre filer og inkludere dem istedet.
side1.php (generisk)
<?php
  include("inc/config.php");
  include("obj/class.lib.php");
  $myObject = new myObject();
  $articles = $myObject->getTopArticles(5);
?>
<?php include("inc/html_start.php");
    <div class="newsBox">
      <?php foreach($articles as $article): ?>
        <h3><?php $article["headline"]; ?></h3>
        <p>
          <?php echo $article["teaser"]; ?>
          <br />
          <a href="articles.php?articleId=<?php echo $article["articleId"]; ?>" class="readMore">Læs mere</a>
        </p>
      <?php endforeach; ?>
    </div>
    ...
<?php include("inc/html_end.php"); ?>
og class.lib.php
<?php
  class myObject
  {
    private $db;
    public function __construct()
    {
      // instans af et databaseabstraktionslag
      // ikke vigtigt lige nu, bare for at indikere at jeg
      // åbner en forbindelse til databasen
      $this->db = factory::instance("Database.Mysqli");
    }
    public function getTopArticles( $limit = 3 )
    {
      $sql = "SELECT articleId, headline, teaser FROM articles ORDER BY date DESC LIMIT ".$limit;
      $this->db->query($sql);
      return $this->db->result2array();
    }
    
    ...
  }
?>
For trådens og forummets skyld, finder jeg det mere passende hvis snakken fortsætter her.