Går i stå når jeg vil installer

Jeg har haft en virus (trojanhorse) som havede sat sig i nogle filer explore32.exe (noget ligene) og i registrings databasen men norton antivirus 2002 kunne ikke fjerne den så jeg formateret hele computeren (fra min win 2000 cd) og lavede en parition på ca 4 gb og en på 40 gb og jeg fik installeret win 2000 fint men så vil jeg også have linux mandarke 8.2 på men når den kommer til hdd: (kan ikke helt huske om det er rigtigt) skete der ikke mere så vil jeg fjerne min ene parition (den på 4 gb) men da jeg startede computeren op med win 2000 cd'en kommer den blå skerm hvor den inlæser en masse filer eller noget ligene så kommer der en sort skerm hvor der er et tegn "-" der blinker og så skre der ike mere men hvordan skal jeg få det hele i orden igen så jeg kan køre win2000 og linux mandarke 8.2