Der fines forskellige værktøjer til det:
Sitecopy
http://www.lyra.org/sitecopy/Kræver at du også installerer Cygwin pakken
Curl
http://curl.haxx.se/Indeholder kun upload funktionen, så du skal selv kode selve synkroniseringsmekanismen.
Mirror
http://sunsite.org.uk/packages/mirror/Kræver perl.
Unison
http://www.cis.upenn.edu/~bcpierce/unison/Bruger ikke FTP, men sin egen propriotære protokol
Håber at du kan bruge noget af ovenstående. I den nærmeste fremtid skal jeg have løst en en lignende opgave, men indtil videre er jeg kun i undersøgelsesfasen.