Opdatering af JPanel.

Og hvad er spørgsmålet ?

Har du prøvet med repaint(); ??

Måske er der lidt inspiration i:
  http://www.eksperten.dk/spm/346095

Hvorfor ikke bare skifte farven, hvis det er hvad du vil ændre.

/**
*
* @author  cfh
*/
public class Test extends javax.swing.JFrame {
   
    /** Creates new form Test */
    public Test() {
        initComponents();
    }
   
    /** This method is called from within the constructor to
    * initialize the form.
    * WARNING: Do NOT modify this code. The content of this method is
    * always regenerated by the Form Editor.
    */
    private void initComponents() {
        jButton1 = new javax.swing.JButton();
        jButton2 = new javax.swing.JButton();
        jButton3 = new javax.swing.JButton();

        getContentPane().setLayout(new java.awt.FlowLayout());

        addWindowListener(new java.awt.event.WindowAdapter() {
            public void windowClosing(java.awt.event.WindowEvent evt) {
                exitForm(evt);
            }
        });

        jButton1.setText("Skift farve");
        jButton1.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
            public void actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent evt) {
                changeButtonColor(evt);
            }
        });

        getContentPane().add(jButton1);

        jButton2.setBackground(red);
        jButton2.setText("jButton2");
        getContentPane().add(jButton2);

        jButton3.setBackground(green);
        jButton3.setText("jButton3");
        getContentPane().add(jButton3);

        pack();
    }

    private void changeButtonColor(java.awt.event.ActionEvent evt) {
        java.awt.Color color = jButton2.getBackground();
        if(color.equals(red)){
            jButton2.setBackground(green);
            jButton3.setBackground(red);
        }
        else{
            jButton2.setBackground(red);
            jButton3.setBackground(green);
        }
           
       
    }
   
    /** Exit the Application */
    private void exitForm(java.awt.event.WindowEvent evt) {
        System.exit(0);
    }
   
    /**
    * @param args the command line arguments
    */
    public static void main(String args[]) {
        new Test().show();
    }
   
   
    // Variables declaration - do not modify
    private javax.swing.JButton jButton1;
    private javax.swing.JButton jButton2;
    private javax.swing.JButton jButton3;
    // End of variables declaration
   
    private java.awt.Color red = new java.awt.Color(204, 0, 0);
    private java.awt.Color green = new java.awt.Color(0, 153, 0);
}

Problemet lå i at jeg ikke kunne komme til knapperne efter jeg havde initialiseret dem..
Har fundet fejlen..

Men tak for hjælpen. Det var lidt svært at forklare hvad der var galt..

Og dermed mener du så, at set i lyset af dit spørgsmål,
er mit svar et forkert !!

Glad for at du kan hjælpe dig selv.

Nej mener ikke dit svar er forkert. Jeg fandt selv fejlen i mit program.
Dit svar er sikkert ganske udemærket, men jeg kan desværre ikke bruge det.

Yderst diplomatisk måde at håndtere det på !!!