ide kørsel vs. normal exekvering.

Hej,
Jeg er stødt på det mest besønderlige problem i et projekt som jeg arbejder på. Vi har sat projektet op til 3 forskellige kompilerings måder i msvc og alt virker fint når vi kører det i release og i debug.
i samme øjeblik som jeg kører noget i release ved at eksekverer execfilen uden at starte IDEet så går der noget galt i noget logik i systemet. Kører jeg samme execfil fra IDE så er der ingen problemer.
Er der nogen  som har hørt mage ?