Det er klart at layeret futter op i venstre hjørne; Du beder den jo om det via: top:0; og left:0; ;-)
Her er et eksempel på det du leder efter (Kan tilpasses yderligere):
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" "
http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd"><html>
<head>
<title>Nyt dokument</title>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html;charset=iso-8859-1">
<script type="text/javascript">
function toggle(id){
elmStyle = document.getElementById(id).style;
if(elmStyle.display != "none")
elmStyle.display = 'none';
}
</script>
</head>
<body>
<div id="minDiv" style="position:absolute; top:50%; left:50%; margin: -75px 0 0 -126px; width:252px; height:120px; background-color:blue; z-index:50;">
<div style="width:250px; height:20px; text-align:right; border-bottom:1px solid #000000;"><a href="#" onclick="toggle('minDiv');return false;"><img src="kryds.gif" style="width:20px; height:20px; border:0;"></a></div>
<div style="margin-top:2px; width:250px; height:100px; text-align:center;">Pop-up div</div>
</div>
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asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd asd
</body>
</html>
Sig til hvis jeg har misforstået dig.