Problemer med bogstaverne æ og ø og å

Hej

Jeg vil bruge min Windows Home Server (windows server 2003 platform) til synkroniserings server. Mine klienter pc'er er vista premium.
Jeg har brugt 2 synkroniserings programmer med samme resultat - GoodSync og Allway Sync.
Jeg overfør data fra klienterne af via ftp som man kan i programmerne.
Problemet er, at serveren ikke kan læse æ,ø og å ordentligt. Så første gang synkroniserer den fint fra klient til server, men bagefter laver den en check om der er sket ændringer og det er der jo så på serveren. Fx er ønskeseddel.doc lavet om til ¤nskeseddel.doc.
Jeg har læst mig noget frem til Unicode, western european og sådan noget ligende, men har ikke meget forstand på det.
Er der nogen der har nogle forslag til hvad jeg kan gøre??

mvh Jakob