Langsom LAMP webserver - hvor er flaskehalsen? (innodb?)

Jeg har en webserver, der bliver dræbende langsom i spidsbelastningsperioder - nogle sidevisninger tager pludselig op mod et minut.

Jeg mistænker at innodb er sat dårligt op, men i princippet famler jeg i blinde.

Det er en production-maskine, så jeg har holdt mig lidt tilbage fra at tage de store chancer, i forhold til at skrue på settings.

Nogen der kan komme med et indspark til hvor jeg bør starte min fejlsøgning?

Maskinen:
    * Intel Xeon E3-1275V2 - Red.PS
    * 2x HDD 3,0 TB SATA
    * 1x SSD 240 GB SATA
    * 4x RAM 8192 MB DDR3 ECC

Den virtuelle maskine der er sat op til LAMP har fået 12GB RAM tildelt, med mulighed for mere, hvis det gavner noget.

mysql -e "SHOW VARIABLES LIKE 'innodb%'" giver mig:

  1 Variable_name  Value
  2 innodb_adaptive_flushing        ON
  3 innodb_adaptive_hash_index      ON
  4 innodb_additional_mem_pool_size 8388608
  5 innodb_autoextend_increment    8
  6 innodb_autoinc_lock_mode        1
  7 innodb_buffer_pool_instances    1
  8 innodb_buffer_pool_size 2147483648
  9 innodb_change_buffering all
10 innodb_checksums        ON
11 innodb_commit_concurrency      0
12 innodb_concurrency_tickets      500
13 innodb_data_file_path  ibdata1:10M:autoextend
14 innodb_data_home_dir   
15 innodb_doublewrite      ON
16 innodb_fast_shutdown    1
17 innodb_file_format      Antelope
18 innodb_file_format_check        ON
19 innodb_file_format_max  Antelope
20 innodb_file_per_table  OFF
21 innodb_flush_log_at_trx_commit  1
22 innodb_flush_method   
23 innodb_force_load_corrupted    OFF
24 innodb_force_recovery  0
25 innodb_io_capacity      300
26 innodb_large_prefix    OFF
27 innodb_lock_wait_timeout        50
28 innodb_locks_unsafe_for_binlog  OFF
29 innodb_log_buffer_size  8388608
30 innodb_log_file_size    5242880
31 innodb_log_files_in_group      2
32 innodb_log_group_home_dir      ./
33 innodb_max_dirty_pages_pct      75
34 innodb_max_purge_lag    0
35 innodb_mirrored_log_groups      1
36 innodb_old_blocks_pct  37
37 innodb_old_blocks_time  0
38 innodb_open_files      300
39 innodb_print_all_deadlocks      OFF
40 innodb_purge_batch_size 20
41 innodb_purge_threads    0
42 innodb_random_read_ahead        OFF
43 innodb_read_ahead_threshold    56
44 innodb_read_io_threads  4
45 innodb_replication_delay        0
46 innodb_rollback_on_timeout      OFF
47 innodb_rollback_segments        128
48 innodb_spin_wait_delay  6
49 innodb_stats_method    nulls_equal
50 innodb_stats_on_metadata        ON
51 innodb_stats_sample_pages      8
52 innodb_strict_mode      OFF
53 innodb_support_xa      ON
54 innodb_sync_spin_loops  30
55 innodb_table_locks      ON
56 innodb_thread_concurrency      0
57 innodb_thread_sleep_delay      10000
58 innodb_use_native_aio  ON
59 innodb_use_sys_malloc  ON
60 innodb_version  5.5.40
61 innodb_write_io_threads 4