Hos Los Alamos National Laboratory i USA står verdens hurtigste supercomputer, Roadrunner, som blev bygget i 2008 for at simulere de atomprøvesprængninger, der ikke længere må gennemføres i atmosfæren eller under jorden. Roadrunner er i dag verdens hurtigste supercomputer med en teoretisk maksimal regnekraft på 1,7 petaflops. Men supercomputeren skal også bruges til andet end udviklingen af nye våben til at tilintetgøre menneskeheden.
Fysikeren Tanmoy Bhattacharya og HIV-forskeren Bette Korber fra Center for HIV/AIDS Vaccine Immunology har netop fået lov til at bruge supercomputeren til at analysere store mængder af gensekvenser fra personer der er inficeret med HIV-virussen. Centeret har samlet prøver fra HIV-inficerede over hele verden og forsøger nu at skabe et stamtræ for HIV-virussen.
Det største problem i udviklingen af en HIV-vaccine er netop, at virussen muterer så snart den er trængt ind i cellerne hos den inficerede. En given vaccine vil dermed kun være effektiv mod én specifik virusstamme. Ved at analysere de mange gensekvenser med supercomputeren håber forskerne, at de kan finde et fælles genetisk fingeraftryk for alle virusstammer, som ikke er påvirket af mutationerne.
I den første undersøgelse har forskerne undersøgt 10.000 sekvenser fra omkring 400 HIV-inficerede. I det næste skridt skal dette udvides til 100.000 sekvenser fra hver testperson. Og i horisonten venter måske den første effektive HIV-vaccine.
Roadrunner har et unikt hybrid-design, hvor hver computer-node dels består af to AMD Opteron dual-core cpu'er og dels fire PowerXCell 8i-processorer, som er en særlig IBM-udviklet variant af Cell-processoren i Sony PlayStation 3. Hele systemet indeholder 116.640 processor-kerner og har et strømforbrug på 2.345,5 KW.
