Microsoft's næste styresystem Windows 2000, som stadig befinder sig i beta-test og måske først kommer på markedet næste år, kræver helt nye programmer, hvis nye funktioner som COM+ og Active Directory skal udnyttes, skriver det amerikanske ComputerWorld. Over 80 pct. af koden til det nye styresystem er helt nyskrevet, hvilket betyder, at ældre NT-programmer måske ikke uden videre kan køre på det nye system. Microsoft siger dog, at NT 4.0 programmer vil fungere under Windows 2000, men mange eksperter tvivler på, at det vil være tilfældet for alle applikationer. Netop problemer med kompatibiliten nævnes blandt årsagerne til, at styresystemet kan blive yderligere forsinket.
Selvom mange NT-programmer sandsynligvis vil køre uden problemer under Windows 2000, kan de ikke udnytte de mange nye funktioner i styresystemet. Det vil sandsynligvis kræve en større omskrivning af de fleste NT-programmer.